Druhý díl Anatomie dítěte organicky navazuje na první díl monografie mapující stavbu dětského organismu a je zaměřen především na anatomii dětských orgánů. Kromě popisu makroskopické a mikroskopické stavby jednotlivých orgánových systémů vycházející ze zvyklostí anatomických deskripcí dospělého těla jsou do textu zařazeny exkurze snažící se zachytit klíčové prvky evoluce dané orgánové soustavy. Popis ontogenetického vývoje se omezuje na některé novější údaje o mechanismu vývoje dané struktury. První a druhý díl Anatomie dítěte tvoří jeden ze základů nového vědního oboru - Nipioanatomie.