V prvej kapitole aplikačnejj časti knihy sa opisujú výsledky presných teoretických výpočtov vlastností malých molekúl (geometria, termochémia, medzimolekulové interakcie). Pretože molekulové modelovanie je alternatívnou metódou získania štruktúrnych informácií zložitých molekúl, kapitola 3.2 prezentuje aplikácie molekulového modelovanie z praktického pohľadu veľmi dôležitej oblasti modelovanie proteínov. Znalosť presnej trojrozmernej štruktúry proteínov je napríklad dôležitá aj pri racionálnom projektovaní liečiv. Problematiku modelovania komplexov liečivo – makromolekula (receptor) opisuje kapitola 3.3. Objasňujúc sa základné princípy pôvodu a charakteru väzby liečiv na receptor a molekulové mechanizmy účinku liečiv. Opisujú sa základné postupy počítačovo riadeného projektovania liečiv (CADD) a jeho aplikácie pri projektovaní liečiv. Predposledná kapitola opisuje základné aplikácie molekulového modelovania v oblasti sacharidov. Posledná kapitola objasňuje využitie metód molekulového modelovania v oblasti drevných makromolekúl, a to celulózy, hemicelulóz, lignínu a lignín-sacharidových komplexov.

Z obsahu:
Predhovor
1. ÚVOD
1.1 História molekulového modelovania
1.2 Súčasný stav, výhľady do budúcnosti
1.3 Literatúra
2. PRINCIPY MOLEKULOVÉHO MODELOVANIA
2.1 Molekulová grafika
2.2 Počítačová chémia
2.3. Simulačné metódy
3. APLIKÁCIE MOLEKULOVÉHO MODELOVANIA
3.1. Malé molekuly
3.2 Modelovanie proteínov
3.3 Modelovanie komplexov liečivo-receptor
3.4 Modelovanie sacharidov
3.5 Modelovanie lignínu